Zespół prowadzi działalność naukową w zakresie chirurgii onkologicznej, bariatrycznej i transplantologii, integrując badania kliniczne, translacyjne oraz analizy materiału biologicznego. Misją Kliniki jest działanie na rzecz rozwoju kompleksowych modeli opieki nad pacjentem, doskonalenia standardów chirurgicznych zgodnie z wytycznymi międzynarodowymi oraz prowadzenia racjonalnego, opartego na dowodach postępowania terapeutycznego. Katedra i Klinika współpracuje z wyspecjalizowanymi ośrodkami, jednostkami Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, a także z uczelniami medycznymi i technicznymi w Polsce oraz ośrodkami naukowymi za granicą, co umożliwia realizację badań o wysokim poziomie interdyscyplinarności i innowacyjności.
Onkologia i biologia molekularna nowotworów – poszukiwanie markerów predykcyjnych i prognostycznych, rozwój koncepcji leczenia spersonalizowanego.
Chirurgia bariatryczna i metaboliczna – badanie wpływu operacyjnego leczenia otyłości na zdrowie metaboliczne, hormonalne i jakość życia pacjentów.
Transplantologia – doskonalenie procedur kwalifikacyjnych i pooperacyjnych, zwiększanie przeżywalności chorych po przeszczepach w oparciu o dowody naukowe.
Gastroenterologia i hepatologia – rozwój technik endoskopowych, badania nad stłuszczeniem wątroby oraz chorobami przewodu pokarmowego.
Nowoczesne technologie w chirurgii – wdrażanie i ocena efektów klinicznych minimalnie inwazyjnych technik operacyjnych.
W ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” pod Katedrą i Kliniką Chirurgii Onkologicznej, Transplantacyjnej i Ogólnej działalność rozpoczęła nowa jednostka typu core facility – Pracownia Badań w Medycynie Narządowej. Celem jej funkcjonowania jest wsparcie projektów naukowych o charakterze translacyjnym, zapewnienie dostępu do materiału klinicznego oraz stworzenie przestrzeni do współpracy między naukowcami, lekarzami i ekspertami z różnych dziedzin.